澎湖馬公海靈殿兼善堂（俗稱南甲宮）位於順承門與媽祖宮之間，前堂面海，進出馬公港大小船舶必經過此航道，遙遠就觀見海靈殿廟貌巍立。明末崇禎年間先民陳、王、蔡、謝、鄭等十餘名自金門新頭五王廟恭迎蘇府四王爺神像一尊（當時為土塑神像），保衛護身渡海抵澎湖媽宮，隨身帶有大批敬神器具，內有淨爐、酒酌、鴛鴦瓶、香爐等。定居後成立蘇府王爺盟會。道光十七年歲次丁酉（西元一八三七年）在廈門雕塑金身。迎歸回澎湖，暫時從祀於現時本殿堂西方之地藏王廟中。
澎湖馬公海靈殿兼善堂在同治三年（西元一八八四年）卜地建廟於現址。地勢形勝，當前綠水瀠洄，後擁有青山環繞，廟曰「海靈殿」，則寓背山面海聿昭其靈之旨。未幾地藏王廟因年久失修傾圮，佛像移祀本殿不復重建。同治十一年（西元一八七二年），通判程海防邦基，感念再造之恩，敬獻增建四埵亭一座。本殿自同治三年建立，至民國八年，經歷五十六載漸次破壞。於是遂由總董事黃財隆、董事王源、陳彬等發起改建。民國八年十二月破土興工，經年餘廟地昇高二尺，工程順利，民國十年歲次辛酉（西元一九二一年）八月落成。民國五十九年召開信徒大會決議改建廟宇，民國六十年方興土木，年餘即竣工。六十二年春隆重慶成，舉行安座大典。
梁 府 王 爺 - 梁德芳
『梁府王爺』又稱梁府千歲；據傳梁府王爺乃是牧馬侯陳淵的參謀將軍蘇永盛的部屬，俗名『梁德芳』；唐時追隨參謀將軍蘇永盛輔佐牧馬侯陳淵開發金門，初時慘澹經營，屢遭海盜侵擾，但憑借蘇將軍及部屬的神勇，遂不再為患。
後因追隨蘇將軍的輔佐下，勤政愛民，興水利、倡文治、嚴武備，使金門一帶成為海上樂園。晚年蘇將軍因功封王，隨蘇將軍調昇內地。
死後，金門民眾感念其恩惠德澤，隨蘇將軍立廟奉祀以茲永念。
邱 府 王 爺 - 邱化成
『邱府王爺』又稱邱府千歲；據傳邱府王爺乃是牧馬侯陳淵的參謀將軍蘇永盛的部屬，俗名『邱化成』；唐時追隨參謀將軍蘇永盛輔佐牧馬侯陳淵開發金門，初時慘澹經營，屢遭海盜侵擾，但憑借蘇將軍及部屬的神勇，遂不再為患。
後因追隨蘇將軍的輔佐下，勤政愛民，興水利、倡文治、嚴武備，使金門一帶成為海上樂園。晚年蘇將軍因功封王，隨蘇將軍調昇內地。
死後，金門民眾感念其恩惠德澤，隨蘇將軍立廟奉祀以茲永念。
萬 府 千 歲 - 萬慈誠
『萬府千歲』又稱萬府王爺；相傳萬府王爺俗名萬慈誠，昔在五百年前，澎湖島林投鄉社後有一座蓮花山山中有香柴一塊，屢被牧童做馬騎，做倚坐，其牧童若在此處玩褻者，歸必發病，而牧童之父母，若到該處祈禱者，其病若失於是神聖之盛靈顯應，人民之崇拜虔誠。
每逢商船漁舟迷失航路之時，其山之柴發出毫光，迷途之舟望光處而推進俱獲重生，其外之顯聖。
護國佑民，消災解厄，雨露均霑，其恩德廣被，於是該鄉為之立廟，將此塊香柴彫像恭奉，並在百家姓之內，筊擇其姓，擇者萬字，故號曰『萬府恩主』，其後德聞上天，玉皇大帝赦封為代天巡狩，永鎮該島之鳳穴，鳳喉，至今五百餘年而恩澤廣被全島；後人尊稱為『萬府千歲』。
羅 府 千 歲 - 羅倫
『羅府千歲』又稱羅府王爺，羅府千歲名為羅倫，明江西吉安人，成化二年〈公元一四六六年〉進士第一，授翰林修撰。性純孝而善治學，及抗疏落職，直聲震天下。後謫提舉泉州市舶司，在泉州城北講學，諸生從者甚眾。未幾，召還南京，乞歸，數年後卒，世稱『一峰先生』。
邢 府 王 爺 - 邢鵬
『邢府王爺』又稱邢府千歲或邢王爺；『邢王爺』，名鵬，字天正，唐代河東道西歷城縣人氏，生於唐高宗乾封元年〈公元六六六年〉農曆八月廿三日。其父在朝為官，職名待考，王爺幼年時，家鄉遽遭洪水凡番氾濫成災，房屋淹沒，逐桴浮水上脫險，後鞠舉家流遷居福建泉州，家道中落，乃勤耕四書五經，加之天資聰穎，十七歲時〈即武后光宅元年，公元六八四年〉應科舉三甲之試中，因而揚名。
邢府王爺，不只學問淵博精湛，且武藝高超，並精通醫術，熟知本草，因而治癒武后痼疾，武后見其年輕有為，品德兼優，乃收為義子，又念及治病有功，賜名『邢王爺』。
王爺本性善良，宅心仁厚，其於領軍征討北番時，運籌帷幄，屢建奇功，且體恤士兵疾苦，遇士兵染病，無不悉心聞診給藥，深得部屬愛戴，王爺嘗奉旨出巡地方，輒以醫術草藥救治百姓，愛國愛民之忱，官民咸感佩與敬仰。去世後，百姓感念其恩惠德澤，立廟奉祀以茲永念。
海 平 關 蔡 府 千 歲
『海平關蔡府千歲』又稱海平關蔡府元帥，據耆老相傳……“海平關”乃是天上所有神明進出天庭的唯一關卡，屬於南天門，由蔡府元帥五位兄弟鎮守。
據傳，在民國三十幾年某地區有一廟宇乩童施法作亂，當地居民要通過該地，一定要獻上豬肉，不然就只能取別道而行，當地居民不堪其擾，遂來到東港東隆宮行醫部，請 溫府千歲作主，溫王爺降乩指示請葉府千歲前去收伏；不料，葉府千歲卻敗下陣來，溫王爺第二次降乩指示對方法力高強，一定要呼請鎮守海平關的蔡府元帥前去，當蔡元帥的乩身遇到對方，想當然戰況激烈不可言語，最後總算給海平關蔡府元帥收伏，地方也平靜了。後人立像奉祀尊稱『海平關蔡府千歲』。
池 府 千 歲 - 池德良
『池府千歲』又稱池府王爺；相傳池府王爺俗名池德良，王爺本是文舉人，有感於當時社會重文輕武，毅然決定文武雙修，後來高中武進士，奉派前往漳州就任的途中，進士結識兩位新朋友，無意中得知他們是奉 玉皇上帝聖旨下凡到漳州府散布瘟疫病菌作為懲罰的行瘟使者。進士慈悲哀憫百姓即將面臨的天譴，當下決定捨身護民。在交界的馬巷小盈嶺過夜時，藉口好奇向兩使者借看瘟藥，趁著兩位使者不注意一口將瘟藥全部吞服。瘟藥毒性猛烈王爺即時暴斃。兩位使者見狀只好帶著進士亡魂返回天庭向 玉皇上帝稟告。 玉皇上帝聽完後對進士捨身護民成仁取義的壯舉相當感動，授予『代天巡狩總巡王』一職，令他代替 玉皇上帝下凡察陰理陽、賞善惡 對於怠忽職務、墮落為惡的人、神、鬼得以『先斬後奏』。
王爺受封之後首先來到漳州府小盈嶺一帶顯化，漳州人在得知王爺成神經過以後，有感於王爺對他們的恩情，紛紛建廟奉祀，因為池府王爺成神之後的表現一直很傑出、屢建功 績， 玉皇上帝再封為『代天巡狩總制總巡王』，成為所有領有『代天巡狩』之職的王爺、千歲、夫人媽的首席。
蘇 府 王 爺 - 蘇永盛
『蘇府王爺』又稱蘇府千歲；據傳蘇府王爺乃是牧馬侯陳淵的參謀將軍，俗名『蘇永盛』；唐時輔佐牧馬侯陳淵開發金門，初時慘澹經營，屢遭海盜侵擾，但憑借蘇將軍的神勇，遂不再為患，故海盜背地裏入以『蘇大王』稱之。
後因蘇氏的輔佐下，勤政愛民，興水利、倡文治、嚴武備，使金門一帶成為海上樂園。晚年蘇氏因功封王，調昇內地。
死後，金門民眾感念其恩惠德澤，立廟奉祀以茲永念。
侯 府 千 歲 - 侯贏
『侯府千歲』又稱侯府王爺，侯府千歲名為侯贏，戰國魏人，任大梁〈今河南開封〉夷門小吏，信陵公子迎為上客。魏安僖王二十年〈公元前二五七年〉秦國圍趙甚急，安僖王派大將晉鄙救趙，魏軍屯兵不敢前進。侯薦朱亥為將，獻計於信陵公子，盜得兵符而擊殺晉鄙，奪取兵權，進兵勝秦，解趙之危。
